TrueCrypt позволяет создавать виртуальные зашифрованные диски, которые затем могут использоваться как обычные логические диски системы. Допустимые алгоритмы шифрования: AES (256-bit key), Serpent (256-bit key), Twofish (256-bit key). В качестве зашифрованного хранилища ("диска") можно использовать как часть свободного места на диске, так и целиком один из имеющихся разделов жесткого диска, а также flash-карты, дискеты и другие съемные устройства хранения данных. Еще одна из особенностей программы - отсутствие в заголовке созданного "диска" специфической сигнатуры, характерной для других подобных программ, что делает невозможным идентифицировать TrueCrypt-диск, т.к. ни одна из частей виртуального диска не отличается от случайных данных.

TrueCrypt умеет создавать зашифрованный виртуальный диск:
- в файловом контейнере, что позволяет легко работать с ним — переносить, копировать (в том числе на внешние устройства в виде файла), переименовывать или удалять;
- в виде зашифрованного раздела диска, что делает работу более производительной и удобной;
- путём полного шифрования содержимого устройства, такого как флоппи-диск или USB флеш-память.

Другие возможности TrueCrypt:
- Переносимость, что позволяет запускать TrueCrypt без установки в операционной системе (необходимы права группы администраторов в NT).
- Поддержка создания зашифрованного динамического файла на дисках NTFS. Такие тома TrueCrypt увеличиваются в размере по мере накопления новых данных вплоть до указанного максимального размера.
- Шифрование системного физического либо логического диска для Microsoft Windows-систем с предзагрузочной аутентификацией.
- Изменение паролей и ключевых файлов для тома без потери зашифрованных данных.
- Возможность резервного сохранения и восстановления заголовков томов (1024 байт).
- Восстановление старого заголовка также сбрасывает пароли тома на те, что действительны для прежнего заголовка.
- Возможность назначать комбинации клавиш для монтирования/размонтирования разделов, отображения и сокрытия окна (и значка) TrueCrypt.